1999-ben a magyar állam - története folyamán először - az egyház tulajdonába adta a templomot.
Minthogy az épület igen rossz állapotban került a plébánia tulajdonába, a templom teljes felújítása a 2005-öt követő években túlnyomórészt állami beruházásban történik. 2015 januárjában, hat évig tartó munka után, a Mátyás-templom orgonájának felújítása befejeződött. 2015 novemberében Süllei László plébános Pro Urbe Budapest díjat kapott a templomért végzett munkája elismeréseként.
